Según el acta de imputación, el diputado Núñez, en su carácter de ordenador de gastos y por ende principal responsable de las erogaciones o expediciones de cheques entre febrero de 2010 a diciembre de 2012, tenía la obligación de resguardar y proteger el interés patrimonial público. Sin embargo, los cheques de las cuentas oficiales de la Gobernación más las declaraciones tomadas en sede fiscal, específicamente las testificales, fortalecen los indicios contra el diputado nacional. Todos los cheques que han salido o se han expedido en el tiempo en que el mismo era gobernador y no poseen respaldo.

Los referidos cheques fueron expedidos a nombre de la gobernación y fueron cobrados por los funcionarios del referido ente. Éstos reconocieron en sede fiscal haber cobrado los cheques y que el dinero lo entregaron al imputado Núñez.

Ante esta situación, el juez asignado a la referida causa deberá solicitar a la Honorable Cámara de Diputados el desafuero del diputado nacional Núñez, a fin de que pueda ser investigado.
Acusación contra el diputado.

Por otro lado, el agente Anticorrupción presentó acusación contra Núñez, para quien pidió juicio oral y público, por un presunto perjuicio de G. 900 millones. Anteriormente, fue imputado por la presunta comisión de los hechos punibles de lesión de confianza, producción de documentos no auténticos, producción inmediata de documentos públicos de contenido falso y uso de documentos públicos de contenido falso, en supuestas ayudas sociales y ayuda a comunidades indígenas.

En esta causa, además fueron acusados Félix Humberto Argüello, Olivia Natalie Cattebeke y Juan Bogado González. El fiscal Cabrera ofreció la declaración de 20 testigos y una serie de documentos como pruebas que confirman la comisión del hecho punible. 

Dentro de la carpeta fiscal, el representante del Ministerio Público solicitó suspensión condicional del procedimiento para 18 imputados, debido a que manifestaron conformidad con la salida procesal planteada por el fiscal.